Historia kościoła
Kościół zbudowany jako kościół p.w. Krzyża Św., na terenie, na którym niegdyś znajdował się zamek wzniesiony w XIV wieku. Zniszczony  w 1657 roku i ostatecznie całkiem rozebrany w 1895 roku. W 1772 r. z nakazu Fryderyka II utworzono w Bydgoszczy samodzielną parafię ewangelicką, a w latach 1784-1787 wzniesiono w obrębie starego miasta murowany zbór według projektu architekta Grethe. Obecny kościół jako ewangelicki parafialny kościół staromiejski zbudowany został w latach 1900-1903 według projektu architekta berlińskiego Henryka Seelinga. Po zakończeniu II wojny światowej kościół został odebrany ewangelikom i przez krótki czas był kościołem szkolnym szkół rzemieślniczych (zawodowych). Jesienią 1946 roku decyzją Kardynała Prymasa Augusta Hlonda kościół został przekazany Jezuitom, których  XVII-wieczny kościół został zniszczony przez Niemców. Przeprowadzono remont zdewastowanego kościoła, uruchomiono organy i zmieniono wystrój kościoła. Kościół zmienił też nazwę - patronem jego został jezuita św. Andrzej Bobola. Pierwszego stycznia 1967 roku została erygowana parafia, licząca wówczas 7500 parafian, a obecnie jest ich nieco ponad 2500.
Architektura kościoła
Kościół p.w. św. Andrzeja Boboli w Bydgoszczy jest to kościół neogotycki, wzorowany na motywach późnego gotyku ceglanego, z charakterystycznymi dla zborów emporami. Kościół jednonawowy, z węższym prezbiterium od wschodu, zamkniętym trójbocznie. Do boków prezbiterium przylegają symetrycznie rozmieszczone aneksy. Od zachodu wysoka wieża zwieńczona iglicą, ujęta szczycikami i  narożnymi wieżyczkami. Elewacje obiega ceglany fryz kordonowy. Wnętrze nakryte sklepieniami kryształowymi z gurtami. W fasadzie bogato profilowany portal, zamknięty trójkątnym szczytem z wimpergą. Elewacje urozmaicone ostrołukowo zamkniętymi blendami i oknami o różnych wykrojach, szczyty zdobione sterczynami. Na korpusie i prezbiterium dachy dwuspadowe.
Zabytkowe wyposażenie kościoła
W prezbiterium znajduje się duży obraz patrona kościoła - św. Andrzeja Boboli, będący kopią obrazu z poznańskiego kościoła Ojców Jezuitów. Najcenniejszym zabytkiem kościoła są organy skonstruowane w 1903 roku przez znaną firmę Sauera z Frankfurtu nad Odrą, remontowane i przebudowane przez  Josefa Goebla w 1940 roku. Rozbudował je z 43 do 48 głosów. Po wojnie organy były zdewastowane, a sześć głosów fachowo wymontowano. W roku 1947 zostały wyremontowane przez bydgoską firmę P. Sobiechowskiego. Natomiast z końcem sierpnia 1998  roku rozpoczął się remont organów, finansowany z pomocą Urzędu Miejskiego, który zakończono w 1999 roku z istniejącymi 42 głosami. W 2001 roku zainaugurowane zostały w kościele Bydgoskie Wieczory Organowe, które na trwale wpisały się w życie muzyczne Bydgoszczy.

Kościół p.w. św. Andrzeja Boboli w Bydgoszczy znajduje się w Bydgoszczy przy placu Kościeleckich 7.