Historia kościoła
Najstarsza wzmianka o istnieniu w tej miejscowości kościoła pochodzi z polowy 1319 r. Z informacji źródłowych wynika, że parafia rywałdzka istniała już w XIV wieku. Założenie parafii w Rywałdzie było ściśle związane z gotycką figurą Matki Bożej z Dzieciątkiem. Według niepisanej tradycji figurę wyrzeźbił w drewnie nieznany z imienia rycerz krzyżacki z zamkowej załogi komtura w Radzyniu Chełmińskim. Początkowo figura miała być umieszczona w niszy, którą do dziś pokazuje się w zamkowej kaplicy. Według legendy figura znalazła się po jakimś czasie w przydrożnej kaplicy w Rywałdzie, znajdującej się w miejscu obecnego kościoła. Gdy przedziwna jasność otaczająca figurę miała zapoczątkować kult Madonny, przeniesiono drewnianą statuę Matki Bożej z Dzieciątkiem do pobliskiego kościoła parafialnego w Radzyniu, skąd w niewyjaśniony sposób ponownie wróciła do Rywałdu na dawne miejsce. Te "cudowne przenosiny" uznano - jak głosi tradycja - za nadprzyrodzony znak wyboru miejsca szczególnego kultu Matki Bożej. Przydrożną kaplicę zamieniono na wspomniany kościół drewniany, gdzie w głównym ołtarzu umieszczono figurę, przyciągającą rychło rzesze pielgrzymów.
   W niedługim czasie po wybudowaniu świątyni, w której umieszczono cudowną figurę Matki Bożej, ziemia pomorska stała się terenem licznych wojen prowadzonych między Polską a Krzyżakami o Pomorze Wschodnie. W 1454 r. król Kazimierz Jagiellończyk wcielając Prusy do państwa polskiego, wypowiedział wojnę zakonowi krzyżackiemu znaną w historii pod nazwą wojny trzynastoletniej (1454-1466). Podczas tej prowadzonej ze zmiennym szczęściem batalii zniszczeniu uległ również kościół w Rywałdzie. Nie wiemy jednak, gdzie umieszczono wówczas cudowną figurkę Matki Bożej. Do końca XVI wieku nie zachowały się żadne dokumenty dotyczące Rywałdu, który po przyłączeniu Pomorza do Rzeczpospolitej Jagiellońskiej należał do starostwa w Radzyniu woj. chełmińskiego. Około 1590 r. wybudowano w Rywałdzie Królewskim nowy kościół (drugi z kolei) z "drzewa zrębowego", w którym umieszczono rzeźbę Matki Bożej.
   Świątynia w Rywałdzie została znacznie zniszczona w XVII wieku podczas dwóch wojen szwedzkich. Pomimo zniszczeń materialnych i postępującej dezorganizacji życia religijnego parafii rywałdzkiej, kult Matki Bożej rozwijał się. Świadczą o tym niektóre wota z XVII w. istniejące do dnia dzisiejszego oraz szczęśliwie zachowane od zniszczeń opisy cudów. Na miejscu zniszczonej przez pożogi wojenne świątyni rywałdzkiej zbudowano nowy kościół (trzeci z kolei). Fundatorem powstałej w latach 1685-1698 budowli był kasztelan chełmiński Sebastian Czapski, ówczesny właściciel Rywałdu. Zgodnie z obyczajem epoki nowa świątynia otrzymała wezwanie św. Sebastiana dla upamiętnienia imienia fundatora, które zastąpiło tytuł poprzedni, to jest Narodzenia NMP. Cudowna figura ponownie wróciła na miejsce.
   Widocznie nowo zbudowany kościół drewniany w Rywałdzie Królewskim okazał się niewystarczający dla potrzeb potęgującego się od początków XVIII w. kultu cudownej figury, skoro sukcesor fundatora, Piotr Czapski, kasztelan chełmiński w latach 1709-1717 rozpoczął w 1710 r. budowę nowej świątyni murowanej w stylu romańsko-barokowym. Ta czwarta z kolei budowla sakralna w Rywałdzie Królewskim, ukończona w 1738 r. przez następców fundatora, przerabiana w latach późniejszych w niektórych szczegółach architektonicznych i wyposażana szeregiem różnorodnych przedmiotów, przetrwała do dziś. 8 lutego 1748 r. biskup Leski przekazał kapucynom świeżo wybudowany, choć jeszcze w pełni nieskończony, kościół murowany z cudowną figurką Matki Bożej. W 1756 r. rozpoczęto budowę klasztoru według projektu architekta warszawskiego Jana Hildebrandra. Ostatecznie całość zabudowań klasztornych i przyległego do niej kościoła była gotowa w 1779 r. Tegoż roku koadiutor biskupa chełmińskiego Karol Hohenzollern dokonał 7 października konsekracji świątyni, która otrzymała tytuł Narodzenia NMP i św. Sebastiana. Klasztor został skasowany przez władze pruskie na początku XIX w., lecz w 1947 r. decyzją władz kościelnych kapucyni powrócili na stare miejsce.
   W okresie międzywojennym szczególną cześć dla cudownej figury Matki Bożej w Rywałdzie okazywali Cyganie, którzy przybywali tu ze swoimi wędrownymi taborami i licznymi rodzinami. Wśród tytułów, jakimi tradycyjnie opatrywano łaskami słynącą figurę, pojawił się nowy: Matka Boża Cygańska.
   W nocy z 25 na 26 września 1953 r. do klasztoru kapucynów w Rywałdzie przybył konwój samochodów milicyjnych, który przywiózł niecodziennego gościa. Był nim prymas kardynał Stefan Wyszyński, dla którego ten cichy franciszkański klasztor miał być pierwszym z czterech miejsc odosobnienia, w których władze komunistyczne przetrzymywały go przez ponad trzy lata. Sam pobyt w Rywałdzie trwał najkrócej, bo tylko do 11 października, kiedy to przewieziono prymasa do klasztoru w Stoczku Warmińskim. Niewielką celę zakonną, w której mieszkał kardynał, pozostawiono do dzisiaj w niezmienionym stanie. Na ścianach tego pokoju zachowały się wykonane przez niego własnoręcznie stacje drogi krzyżowej w postaci małych krzyżyków z podpisami, narysowanych ołówkiem wprost na tynku.
 
Architektura kościoła
Czwarta z kolei budowla sakralna w Rywałdzie Królewskim, ukończona w 1738 r., przerabiana w latach późniejszych w niektórych szczegółach architektonicznych i wyposażana szeregiem różnorodnych przedmiotów, przetrwała do dziś.
   Ponieważ świątynia nie odpowiadała surowym przepisom ubóstwa kapucyńskiego, przystąpiono do szeregu zmian i przeróbek architektonicznych, które w zasadniczym zrębie przetrwały do dnia dzisiejszego. Od strony zachodniej dobudowano kruchtę, likwidując dwuwieżową fasadę kościoła, zgodnie zresztą z ówczesnymi przepisami zakonnymi. Nad kruchtą umieszczono wnękę zwieńczoną łukiem z falistym gzymsem, w której wyeksponowano kopię cudownej rzeźby Matki Bożej. Przebudowano również ołtarz główny umieszczając po bokach zgodnie z kapucyńskim obyczajem zamykane otwory okienne do chóru zakonnego.

Wyposażenie świątyni
Wystrój późnobarokowy i rokokowo-klasycystyczny z 2. połowy XVIII w., w typie wystroju kościołów kapucyńskich. Rzeźby gotyckie XIV-XVI w. (m.in. Chrystus frasobliwy z ok. 1500 r., Matka Boska Rywałdzka z XIV w.) oraz barokowe z XVIII w. (m.in. św. Grzegorza Wielkiego i św. Sebastiana). Na belkowaniu zlokalizowano po 9 I 1757 r. (data śmierci Konstancji z Gnińskich-Czapskiej) kartusz metalowy z herbami: "Leliwa" Czapskich i "Trach" Gnińskich. Warto przy rym zaznaczyć, że portret dobrodziejki i fundatorki pochowanej w podziemiach kościoła (katakumbach) wisi do dnia dzisiejszego.
   W pierwszych latach obecności kapucynów w Rywałdzie zbudowano także zasuwę zasłaniającą cudowną figurę Matki Bożej. Szymon Czechowicz (1689-1775) namalował na niej obraz Matki Bożej Szkaplerznej. Z cenniejszych przedmiotów kultu zachowała się do dziś późnobarokowa monstrancja z rzeźbą św. Franciszka z Asyżu w ekstazie, ufundowana przez rodzinę Czapskich (co potwierdzają podobizny herbów wyryte na podstawie), a wykonana w 1753 r. przez paryskiego złotnika L. Legnarda. Burze dziejowe przetrwała także rokokowa puszka z 1771 r. ufundowana przez Tomasza i Marię Czapskich, zdobiona emaliowanymi medalionami.
   Wizerunek Matki Bożej Rywałdzkiej  to niewielka, licząca 74,5 cm (od tyłu) wydrążona figurka drewniana. Przedstawia ona postać Matki Bożej siedzącą na ozdobionym tronie z wyprofilowaną poduszką. Na lewym ramieniu znajduje się na wpół stojące Dzieciątko Jezus przyjmujące od Matki obiema rączkami jabłko. Rzeźba jest wymodelowana przestrzennie. Perspektywę uwydatniają misternie zaznaczone linie fałdów płaszcza i płaska twarz o wysokim czole okalanym precyzyjnie wyrzeźbionymi splotami włosów. Głowa Madonny przykryta jest chustą spływającą spod diademu w płaskich fałdach na prawie ramię. Dzieciątko, opierające stopy na lewej nodze Matki, ma płaską, stosunkowo szeroką twarz z odstającymi uszami i uśmiechem na uwydatnionych ustach. Całość rzeźby pokrywa różnokolorowo polichromia położona na warstwie kredowo-klejowej zaprawy, wykonana i uzupełniana w czasach późniejszych, głównie na przełomie XVII i XVIII w. Ta. właśnie wysokiej klasy artystycznej figurka Maryi z Dzieciątkiem, zaliczana przez znawców zagadnienia do gotyckich tzw. "Pięknych Madonn Tronujących", powstała niewątpliwie na przełomie XIV i XV w.
   Potwierdza to zarówno kompozycja rzeźby, jak i jej podobieństwo stylowe z innymi pewnie datowanymi przedstawieniami "Pięknych Madonn" z terenu polskiego, takich jak Madonna z Krużlowej pochodząca z 1410 r. czy Madonna Inowrocławska 7. 1360 r.
   Tradycja wiąże powstanie figurki Pani Rywałdu z zamkiem Krzyżaków w Radzyniu Chełmińskim, i ma swoje historyczne potwierdzenie. Z krzyżackim bowiem warsztatem rzeźbiarskim wiąże statuę rywałdzką jej podobieństwo z powstałymi w tym okresie czasu figurami "Tronujących Madonn" z pobliskiego Jeziernika, Brodnicy i Niedźwiedzicy. Wszystkie te zabytki historycy sztuki wiążą na podstawie dokładnych analiz z krzyżackimi warsztatami rzeźby gotyckiej, która około lat dziewięćdziesiątych XV stulecia należała do najwybitniejszych typów ikonograficznych "Madonny Tronującej", zwanej także "Madonną na Majestacie".
   W latach 1971-1972 rzeczoznawcy z zakresu historii sztuki Laurencja i Marek Kaszyccy z Lublina przeprowadzili tzw. regotyzację cudownej figury, polegającą na usunięciu rokokowo-barokowych uzupełnień w zewnętrznym wystroju; zlikwidowano również perukę z włosów. W ten sposób odnowiona rzeźba wróciła do swojego pierwotnego kształtu artystycznego i w takiej postaci jest dziś przedmiotem podziwu zarówno modlących się, jak i odwiedzających sanktuarium turystów i historyków sztuki sakralnej. Gotycka rzeźba pochodząca z końca XIV wieku jako zabytek wysokiej klasy została zaliczona w katalogach do niezwykle rzadkich na ziemiach polskich przedstawień typu "Madonny Królującej" lub "Madonny Tronującej".
   Wszystkie zabiegi restauracyjne stanowiły zewnętrze przygotowanie do uroczystej koronacji Madonny Rywałdzkiej koronami papieskimi. Po otrzymaniu podpisanej 30 maja 1971 r. w Rzymie bulli kanonizacyjnej odbyła się 3 września 1972 r. uroczysta koronacja cudownej figury.