Architektura
Wymiary kościoła: długość - 53 m, wysokość nawy głównej - 20,65 m, wysokość naw bocznych - 9,70 m, wysokość wieży - 49 m, szerokość kościoła 28,80 m. Kościoła posiada rzadko spotykany na terenie Ziemi Chełmińskiej układ bazyliki trójnawowej, emporowej z łukami odporowymi i wysokimi, ozdobionymi pełzakami (żabkami) i kwiatonami pinaklami. Tutaj też zastosowano po raz pierwszy i jedyny w Toruniu przenoszenie ciężaru sklepienia nawy głównej na skarpy naw bocznych za pomocą łuków przyporowych. Do dzisiaj widoczny jest tylko jeden taki łuk, przerzucony nad dachem zakrystii. Szczególną uwagę przyciąga prostokątne prezbiterium, które otaczają skośne ustawione szkarpy, tworzące iluzję zamknięcia wielobocznego. Efektu kolorystycznego dopełniają ściany ozdobione glazurowanymi cegłami w tonacji żółtej i zielonej. Glazurowaną dekorację zastosowano także w głównym portalu, prowadzącym do kościoła od zachodu. Prezbiterium i nawę główną zamyka sklepienie gwiaździste, a  nawy boczne sklepienie krzyżowe.

Zabytkowe wyposażenie
Wnętrze kościoła kryje niezwykle cenny zespół zabytków, z których część została tu przeniesiona w XIX wieku po zburzeniu przez Prusaków kościoła dominikanów. Najważniejszymi skarbami z epoki gotyku są: XIV-wieczny krucyfiks tzw. mistyczny, pochodzący z nieistniejącego kościoła św. Mikołaja, XIV-wieczne malowidła ścienne pod wieżą i w prezbiterium, figura Marii z Dzieciątkiem z końca XIV w. w nawie głównej oraz symultaniczny obraz pasyjny z lat około 1480-1490. Szczególnym kultem wśród flisaków cieszył się tzw. czarny krucyfiks z 1 połowy XV w., czczona była też figura Matki Boskiej Różańcowej z ok. 1500 r. W Muzeum Diecezjalnym w Pelplinie znajduje się m. in. drewniana figura Chrystusa w Ogrojcu z ok. 1400 r. (z kaplicy dobudowanej przy wieży), obraz Madonny z Dzieciątkiem z około 1440 r., gotyckie cyborium i 2 krzyże relikwiarzowe.
   Z epoki protestanckiej zachował się jeden z najstarszych w Polsce, bogato rzeźbiony i o wysokich walorach artystycznych prospekt organowy z 1611 r., obraz Sąd Ostateczny z 1603 r. (dzieło warsztatu Antoniego Moellera z Gdańska) i chrzcielnica. Większość ołtarzy (w tym kilka przeniesionych z rozebranego kościoła dominikanów św. Mikołaja) pochodzi z XVIII w. i prezentuje wysoki poziom toruńskiej snycerki barokowej. Z XVIII w. pochodzi też ozdobny łuk tęczowy u wejścia do prezbiterium (1733), ambona (1770) i szereg obrazów w kaplicach bocznych. Wśród wcześniejszych obrazów szczególnie interesujące jest Ukrzyżowanie, dzieło Bartłomieja Strobla z 1634, przeniesione z dawnego klasztoru sióstr przy kościele Św. Ducha nad Wisłą. W 2006 r. zakończył się kilkuletni remont ołtarza głównego z 1732, z obrazem św. Jakuba Starszego. Neogotyckie witraże we wschodnich oknach prezbiterium wykonała firma Franz Binsfeld z Trewiru (1913-1914).