Nawra, wzmiankowana w 1248 roku, w średniowieczu stanowiła własność rycerską, a od XVII w. znalazła się w posiadaniu rodu Kruszyńskich, by po 1865 r. przejść na rodzinę Sczanieckich. Jest to miejsce wyjątkowe, wielce zasłużone dla kultury narodowej, ostoja polskości w czasach zaborów. Gromadzony w nawrzyńskim pałacu przez stulecia pokaźny i cenny księgozbiór, należał do największych na obszarze dawnych Prus Królewskich. W gościnnych progach nawrzyńskiego pałacu bywali: Józef Wybicki, Oskar Kolberg, archeolog Gotfryd Ossowski, Wojciech Kętrzyński, gen. Józef Haller, gościli Radziwiłłowie, Czartoryscy, Potoccy, Jabłonowscy, Zamojscy, Działyńscy...
   Początki Kruszyńskich w Nawrze łączą się z postacią Bernarda Kruszyńskiego herbu Prawdzic (ur. ok. 1590 r.), który ożenił się z córką ówczesnego właściciela Nawry. Awans do grupy zamożnej szlachty liczącej się w Prusach Królewskich Kruszyńscy zawdzięczali Walerianowi (1654-1720), kasztelanowi gdańskiemu. Za czasów kasztelana stał w Nawrze dwór (w miejscu obecnego) podpiwniczony, piętrowy, lecz drewniany.
   Początki biblioteki w Nawrze wiążą się z postacią Antoniego Kruszyńskiego (1706-1774), kasztelana gdańskiego, wielkiego miłośnika ksiąg. W gromadzonych przez niego zbiorach przeważały książki z klasycznej literatury łacińskiej o tematyce historycznej, literatura francuska, pisma religijne, prace dotyczące matematyki, medycyny.
   Kontynuatorem rodzinnych tradycji bibliofilskich był Konstanty Ignacy Kruszyński (1751-1818), szambelan królewski, prezes Deputacji Administracyjnej w Toruniu, działacz Izby Edukacyjnej w okresie Księstwa Warszawskiego. Był budowniczym obecnego pałacu w Nawrze – wzniósł go m.in. dlatego, by w lepszych warunkach gromadzić książki. Tak więc w latach 1798-1805 powstał pałac według projektu Hilarego Szpilowskiego, typowa dla klasycyzmu warszawskiego siedziba wiejska, piętrowa, z lekko pośrodku wysuniętym portykiem kolumnowym jońskim. Po bokach dobudowano później dwie symetrycznie ustawione oficyny (zamieszkałe obecnie). Wielką uwagę przywiązywał Konstanty do księgozbioru, uzupełniając go głównie poprzez zakupy na aukcjach w Toruniu. W tym okresie biblioteka wzbogaciła się o dzieła Goethego i Szekspira.
   Spadkobiercą Nawry po Konstantym został Józef Kruszyński, ożeniony z Olimpią ze Skórzewskich, córką hrabiego Fryderyka z Lubostronia. W wyniku małżeństwa Bogusławy z Kruszyńskich (wnuczki Konstantego) z Michałem Sczanieckim w 1865 r. Nawra przeszła na Sczanieckich. Nowy gospodarz był wybitną postacią, uczestnikiem powstania styczniowego, szambelanem papieskim, działaczem politycznym i społecznym. Prócz książek gromadził w bibliotece pałacowej druki polskie, archiwalia, zbiory numizmatyczne, medalierskie, archeologiczne, geologiczne, kartograficzne, malarskie, należące do największych w Prusach. W II połowie XIX wieku właściciele założyli wokół pałacu park w stylu krajobrazowo - klasycyzującym na powierzchni ok. 8 ha.
   Kolejnym właścicielem nawrzyńskiego majątku był Jan Sczaniecki (1873-1952). Zelektryfikował gospodarstwo, prowadził poletka doświadczalne. Kontynuował rodzinne tradycje patriotyczne biorąc czynny udział w życiu społecznym i politycznym regionu. Wraz z żoną Ireną prowadził szeroką działalność charytatywną. Jan Sczaniecki był godnym następcą swego ojca również w powiększaniu zbiorów bibliotecznych. Jedno z pierwszych wydań dzieła Kopernika „O obrotach sfer niebieskich” należało do cymelii nawrzyńskiej biblioteki. Księgozbiór w 1939 r. liczył prawie 8000 tomów, dużą ilość map, atlasów, teczki rękopisów, liczne broszury.
  Wojna nie oszczędziła pałacu i jego mieszkańców. Jan Sczaniecki, który nie podpisał volkslisty, musiał opuścić Nawrę i wraz z rodziną przenieść się do Chełmży. Wnętrza pałacu Niemcy przebudowali, umieszczając w nim dom matki (Mutter Heim), do którego przyjeżdżały Niemki rodzić dzieci z dala od frontu. Po wojnie folwark nawrzyński nie wrócił do właścicieli, lecz przejęły go Państwowe Gospodarstwa Rolne. Niepowetowane straty poniosła biblioteka. Większość zbiorów zaginęła w 1939 r., część wywieźli Niemcy w l. 1940-1941. Odnaleziona po wojnie część archiwum nawrzyńskiego znajduje się w Archiwum Państwowym w Toruniu. Uratowaną część zbiorów biblioteki Sczanieckich posiada także biblioteka UMK w Toruniu. Zaginęły najcenniejsze eksponaty: pergaminy z podpisami i pieczęciami królów polskich, inkunabuły. Nieliczne ocalałe ze wspaniałego zbioru portretów malarstwa sarmackiego płótna można podziwiać obecnie w Muzeum Sztuki w Łodzi.
   Kościół w Nawrze stanowi wraz z okalającym go cmentarzem nekropolię rodową Kruszyńskich i Sczanieckich. W kościele znajduje się obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem z XVII w. przywieziony, jak mówi legenda, przez Bernarda Kruszyńskiego z niewoli moskiewskiej. W 1815 r. Konstanty Kruszyński umieścił w kościele epitafium rodu Kruszyńskich. Znajduje się na nim kartusz z herbem Prawdzic oraz portretami Kruszyńskich: Bernarda, Jana, Waleriana, Antoniego i jego żony Ludwiki.

Pałac znajduje się w centrum wsi, w pobliżu kościoła. Dojazd autobusem PKS relacji Toruń - Chełmno. Obok pałacu przechodzi zielony szlak turystyczny Chełmża - Zelgno - Chełmża, można więc dojść z Chełmży - zielonym szlakiem przez Kończewice lub najpierw żółtym szlakiem do Bielczyn, tam skręcić na szlak zielony i przez Głuchowo dojść do Nawry.